Facturas con IRPF
En apartado 20-CONCEPTO “IMPORTE TOTAL” EN EL REGISTRO DE FACTURACIÓN de preguntas frecuentes para desarrolladores se indica:
En conclusión la retención a cuenta del IRPF o IS que vaya en factura, no se incluirá en el registro de facturación, ya que no es uno de los elementos constitutivos de la factura de acuerdo con la Directiva UE y el art 6 del Reglamento de Obligaciones de Facturación aprobado por RD 1619/2012.
En las facturas, a menudo se incluyen menciones, detracciones, adiciones o cantidades que no forman parte de la información fiscalmente obligatoria de una factura. A título de ejemplo, podemos mencionar: el recargo financiero (al igual que ocurre con los importes suplidos), la retención por garantía decenal, los suplidos o, en este caso la retención obligatoria. Todos estos importes, aunque se incluyen en la factura por su evidente importancia, no son importes "propios" de la factura, razón por la que no afectan a la base ni a la cuota de IVA, ni al "Importe Total" . Se trata de cantidades que alteran el "total a pagar" añadiendo o restando cantidades, pero no el "Importe total factura" según lo define el RRSIF (reglamento de requisitos de los sistemas informáticos de facturación, aprobado por el Real Decreto 1007/2023) y la orden ministerial (OM) HAC/1177/2024 siguiendo el Reglamento de Obligaciones de Facturación (aprobado por el RD 1619/2012). Por ello cuando sea preciso incluirlos en la factura, esa parte NO integrará el registro de facturación, cuya estructura viene diseñada en el artículo 10.1 del RRSIF y detallada en su contenido técnico en la OM HAC/1177/2024.
A este respecto, a modo de "consejo o recomendación", para facilitar la comprensión de este matiz al cliente que reciba la factura, el sistema informático de facturación (SIF) podría incluir en la factura ambos importes, "Importe total factura" (que es el que aparece en el QR tributario) y "Total a pagar", debidamente diferenciados, "etiquetándolos" (incluso explicándolos) de manera que figuren ambos y se distingan claramente, como por ejemplo:
Total factura:
retenciones:
suplidos:
...
Total a pagar:
Por último, cabe reseñar que en el caso de facturas verificables expedidas por SIF actuando en modo VERI*FACTU, estas explicaciones anteriores ya se le proporcionan a todo cliente que coteje el QR tributario de su factura en el servicio que tendrá la AEAT preparado a tal efecto, mediante un texto en la respuesta obtenida de dicho servicio cuando se encuentra la factura en la AEAT y coinciden los datos. Como ilustración, se incluye a continuación el ejemplo aportado en el documento "Características del QR y especificaciones del servicio de cotejo o remisión de información por parte del receptor de la factura", disponible en la sede electrónica de la AEAT:

En conclusión, la retención a cuenta del IRPF o IS que vaya en factura, no se incluirá en el registro de facturación, ya que no es uno de los elementos constitutivos de la factura de acuerdo con la Directiva UE y el art 6 del Reglamento de Obligaciones de Facturación aprobado por RD 1619/2012.